עמותת "מרכז שורשים" הוקמה בשנת 2018, לאחר פעילות ענפה ורבת שנים של יו"ר הארגון, הרב שחר לוי, בתחומי התורה, החיזוק והחסד. העמותה קמה מתוך אהבת תורה ואהבת ישראל, במטרה לחזק את יסודות הבית היהודי ולהיות כתובת חמה ותומכת לכל הזקוק לה.
מנכ"ל הארגון – שמואל שירו
את הפעילות הענפה של העמותה מוביל מנכ"ל הארגון, שמואל שירו, הרואה בעשייה זו שליחות של ממש. בזכות ראייתו המערכתית, כישורי הניהול שלו ומסירותו הבלתי נלאית, העמותה מצליחה להפעיל מגוון רחב של תחומי פעילות – מכולל האברכים ופעילות זיכוי הרבים, דרך חוגי הבית, הפרשות החלה והנופשים, ועד לסיוע למשפחות נזקקות ולמשפחות של חולים.